1、可以提高肥效，如微量元素等肥料施入土壤后容易被土壤固定而失效。当与有机肥料混合时，减少了与土壤的接触面，减少养分的固定，有机肥还可以提高磷矿石的溶解性。在水田条件下更好。再比如化肥和有机肥混合后，化肥可以被有机肥吸收储存，减少损失。此外，化肥与有机肥混施还能促进有机肥腐熟，提高肥效。

2.可以减少化学肥料的一些可能的不良作用。在单独施用化肥或化肥施用不均匀时，土壤溶液浓度高，影响作物吸水，甚至伤根，如果混有机肥不会造成这个问题。另外，如长期单独应用生理酸性肥料会使土壤变酸，产生过多的活性铁、活性铝等有害物质，对农作物造成毒害。与有机肥配合施用可增加土壤缓冲性能，防止土壤酸化。有些过磷酸钙含有过多的游离酸，做种肥会影响种子发芽和幼苗生长。加入有机肥后，游离酸将被中和可以减少对种子的伤害。

3.可以增加作物营养。有机肥养分均衡，肥效稳定，并含有大量有机质，能增加土壤有机质含量，改良土壤理化性质。可以给土壤微生物提供养分，如氮、磷、钾和维生素和生长激素等。施用有机肥后，土壤酶活性增强，有利于养分转化。