生物菌肥其特殊的成分决定了它须具备特定的使用条件。土壤环境条件会影响菌肥的使用效果，如温度、光照、土壤水分、pH值和使用方法等。所以使用时需要考虑这些方面。

控制地温，一般菌肥中的生物菌在土壤温度为18-25℃时活跃度高，15℃以下活性开始下降，10℃以下活性能力较弱，甚至处于休眠状态。因此，冬季大棚蔬菜施用菌肥后，控制地温非常重要。在冬天，如果想保持更高的地温，首先要控制温室内的温度，促使地温上升。一般白天棚内温度要保持在25-30℃，晚上棚内温度低。为了避免地温损失，保持地温恒定，除了地膜覆盖外，在作业区内覆盖作物秸秆也是一个很好的方法。

控制好土壤的湿度，土壤含水量不足不利于生物菌的生长繁殖，但土壤浇水过多，透气性差，含氧量低，也不利于生物细菌的存活。所以，除了控制地温，合理浇水也很重要。一般来说，浇水应该在晴天上午进行，因为这段时间浇水有利于地温的恢复和棚内水分的排除。浇水时注意浇小水，不要大睡漫灌。如果蔬菜苗期地膜覆盖前浇水，应及时锄地，增加土壤的透气性，促进生物菌的生命活动。

注意泓通有机肥的施用，生物菌的作用是在土壤有机质丰富的前提下才能发挥出来。如果土壤中有机肥的施用量不足，生物菌会因为缺少食物而失效。如果土壤中的有机质供应充足，生物菌肥中的益生菌会大量繁殖，从而增加控制有害细菌。所以在种植蔬菜之前，要注意施足有机肥。

方法宜采用菌肥作基肥、畦施、沟施或穴施；也可用作追肥，穴施生物菌肥效果较好，生物菌能在蔬菜根系周围迅速形成强大的菌群，保护根系。

不宜同时使用多种生物菌肥。使用生物菌肥时，建议使用一种，不宜同时使用多种含有不同有益菌的生物菌肥。

不同种类的生物菌不宜频繁更换，因为生物菌肥需要大量的有益微生物才能发挥其作用。不同的菌肥产品所含的主要有益菌种不同。要注意不断添加新的菌肥。比如基肥用完后，同样的生物菌肥可以追多次，扩大菌群。特别要注意的是，生物菌肥施用后不能使用杀菌剂。因为土壤中使用的杀菌剂可以消灭生物菌中的有益菌，所以杀菌剂不能与生物菌同时使用。