狭义的生物肥料是通过微生物的活动使农作物特定的肥料产品，也称为菌肥。广义的生物肥料不仅含有作物所需的营养元素，还含有微生物的制品是生物、有机和无机的结合。它们可以代替化肥，提供农作物生长发育所需的各种营养元素。生物肥料可以根据其作用来划分：生物固氮菌(如根瘤菌)；分解土壤的有机物菌剂(有机磷细菌肥、综合细菌肥；分解土壤中难溶性矿物质的菌剂(硅酸盐细菌肥料、无机磷细菌肥料)；从其构成来看可分为：单纯生物肥，基本无营养元素，以微生物生命活动产物改良作物的营养条件，激活土壤的潜在肥力，刺激作物的生长。发育，抵抗作物病虫害，从而提高作物产量和品质。因而单纯的生物肥料不能单施，须与泓通有机肥配合使用，才能充分发挥其效用。

微生物肥料是一种活菌产品，其有效性与其真菌活性和使用量直接相关。

(1)核心物质是指具有特定品种的有效活微生物。任意一种产品的有效活菌数都有明确规定。当有效活菌数下降到一定数量时，其功能没有了。

(2)微生物肥料从生产到使用，要注意产品中微生物适宜的环境，主要包括含水量、酸碱度、温度、载体中残糖含量、包装材料等。

(3)微生物肥料作为活菌制剂存在有有效期问题。这类产品刚生产时，活菌含量较高，但随着贮存时间的变化和运输、贮存条件的不同，产品中有效微生物的数量逐渐减少，减少到一定数量时，其有效作用无法表现出来。因此，规定产品的有效期和正确使用意义重大。

(4)微生物肥料施入合适作物和适宜区域是确定其有效作用的重要一点。提倡有针对性地培育生产菌种，如针对碱性土壤、酸性土壤的菌种，或针对特定作物的菌种。另外要注意应用技术，也要看产品是否有市场准入证。