与传统的化肥和农药相比，微生物肥料有很大的优势。它能有效地改良土壤肥力，增加化肥和能源的利用率。同时，微生物肥料在绿色有机食品生产、农业生态环境保护和高产的可持续发展中发挥着重要作用。

改良作物质量，提高作物产量

微生物肥料促进植物生长的机理是产生生长素、控制病原菌、根际固氮和分解难溶性磷、钾元素等。

减少了生产成本。

微生物肥料之所以能减少生产成本，是因为它能增加土壤中的有效养分，所以所需量并不大，而微生物生产过程耗能更少。同时，由于土壤元素利用率的提高，化肥的施用量会减少。这些因素的综合作用是减少生产成本。

减少了环境污染。

微生物本身一般是无害的，不会污染环境。同时，施用生物肥料，如固氮类生物肥料，不但可以适当减少化肥的施用量，而且固定的氮可以直接储存在生物体内。相对来说，环境污染的几率要小很多。

有效利用了大气中的氮或土壤中的养分资源。

如何将土壤中无效态磷、钾转化为可被作物吸收利用的有效养分，微生物肥料的应用无疑为这一问题提供了很好的解决方案。比如我们所知道的各种固氮微生物，都可能在其中发挥重要作用。

可以在部分程度上改良土壤的理化性质。

化肥使用量减少，减少了其对土壤养分、结构等方面不利影响。又减少土壤养分流失和富营养化产生。