微生物肥料是俗称的生物肥料。它通过产品中的功能微生物发挥作用。地表的岩石经过物理风化、化学风化和生物风化，逐渐形成土壤。有机质和微生物进入其中后，土壤形成过程加快。微生物的生长和繁殖需要养分。以无机物为食物的微生物生长很慢，对土壤形成过程的影响也比较慢。以有机物为食物的微生物生长繁殖很快，可以迅速形成大量的菌体和代谢产物。有的还能在土壤风化过程中发挥作用，使土壤具有保水、保气、保肥、保温的功能。这些以有机物为食物的微生物，在用有机物的过程中，也讲有机物分解成小分子。增加土壤肥力和保水、保气、保肥、保温的功能，大大提高了农田的土壤质量。

施入土壤的微生物在分解土壤有机物的同时，还分泌一些代谢产物，如有机酸、多糖等。这些物质可以增加无机矿物质的溶解度，便于植物吸收。这些物质可以活化土壤中被固定的化肥中的磷和微量元素，供植物吸收，如钾细菌、磷细菌等。具有固氮功能的微生物可以利用空气中的氮气合成空气中农作物所需的氨，供农作物合成氨基酸、含氮生物活性物质

微生物肥料应用于农田的作用是多方面的。由于微生物肥料的使用，微生物大量繁殖，影响和制约了病原微生物的繁殖。长期连续使用微生物肥料可以减少农田病害。某些微生物中的某些细菌能分泌物质，控制病原微生物的生长，减少农田病害，并能节约农药使用成本。

微生物是土壤中活跃的成分。它们主要依靠土壤有机质作为生存的粮食，它们这样做是为了增加土壤肥力的工作。没有微生物，只有有机物质被添加到土壤中，土壤肥力无法提高。