使用微生物肥料的基本原则是因地制宜，选择与环境和作物种类相匹配的微生物肥料。在使用微生物肥料的过程中，应考虑农业操作满足相应微生物的生理需求发挥其作用。

选择微生物肥料时，请注意以下事项：

(1)用微生物肥料须提供一定的有机质。有机质是微生物赖以生存的粮食。有机质高土地用微生物肥料效果显著，有机质不足的土地单独施用微生物肥料效果差一些。微生物肥料应配施一定量的有机肥，或微生物肥料中的载体含有微生物所需的有机质。

(2)针对不同品种的微生物肥料，采用不同的农艺措施，以获得预期的针对性施肥效果。例如氮素高的土壤施用固氮菌，根瘤菌不够明显。含铝、铁、钙的土壤单施可溶性磷肥效果不佳。施用磷细菌肥料能显著提高可溶性磷肥的利用率。总磷含量高，有效磷含量低的土壤，用磷细菌肥料，再施一定的有机肥。连续不施可溶性磷肥，也不会出现缺磷症状。为了提高化学钾肥的利用率，一定量的生物钾肥可以大大节约化学钾肥的用量，并带来大大改良作物品质的效果。

(3)须正确使用。针对不同的作物和不同的生育期，选择不同的施用方法和不同类型的菌肥。如撒、喷、灌、蘸等不同施肥方法，应选择不同剂量类型的微生物肥料。比如拌种、蘸苗、喷施要用液态型。

(4)应用环境须有一定的湿度和适宜的温度。施用微生物肥料后，天气暴晒，水资源匮乏的土地效果不佳。

(5)除产品说明书注明的可配合使用的农药外，不能与杀菌剂、消毒剂等农药混用。

(6)注意不要暴露使用过程。如果喷施在上午9点前和下午5点后喷洒，如果喷洒后遇到大雨，则应在雨后喷洒。因为叶子的正面是多蜡疏水，背面是多孔的，喷在叶子背面比正面好。