1.复合微生物肥料含有大量有益微生物，能分解有机残留物，形成土壤腐殖质。改良土壤结构和物理特性，将植物不能吸收的物质转化为有效的养分供植物吸收，肥料进入土壤后，微生物在有机质、无机营养元素、水分、温度的协助减少了有害微生物的生存空间，从而增加了土壤中的有益微生物的数量，大量的有机酸可以部分溶解在磷和钾元素中，这些元素可以在土壤中沉积多年可以重新吸收，长期使用后土壤会变得疏松肥沃。

2.控制病害，增强抗逆性

复合微生物肥料施入土壤后，有利于在植物根部周围形成优势菌群，使病原微生物难以繁殖。复合生物菌可以诱导植物产生有害的微生物过氧化物酶、多酚氧化酶、葡聚糖酶等参与植物对有害微生物的防御反应施用复合微生物肥料，使作物生长健壮，增强作物的抗病能力。

3.促进生长，增产增收

复合微生物肥料施入土壤后，有利于土壤中微生物的繁殖，会产生各种对作物有益的代谢产物。这些代谢物可以刺激或调节作物生长，使作物健壮，并达到增产目的。不仅为作物生长提供所需的NPK和中微量元素，而且还能为作物提供有机质和有益微生物活性菌。此外，微生物中的一些细菌还能分泌一些刺激性维生素等。刺激作物生长，使作物更强壮，并改良其营养状况。

4.养分均衡，配方施肥

养分含量较高，能均衡的供应植物生长所需要的氮、磷、钾及多种微量元素，养分比例可根据要求对配方进行调整

5.提高质量，改良口味

复合微生物肥料改良作物的营养供给，特别是增加有机质、腐植酸、氨基酸等有机营养物质有利于作物糖分和蛋白的积累，解决了“菜不香果不甜的问题”。施用复合微生物可以降低农产品中硝酸盐的含量，增加还原糖和维生素c的含量。