在农作物种植和城市绿化过程中，由于化肥连年使用、土壤板结，肥料受损，损害了农作物的质量，破坏了生态平衡。而且化肥在制造、储存、运输过程中，不断污染环境，破坏生态平衡，造成相当严重的危害。化肥被列为农业的三大污染源之一。作为化肥生产原料和能源，石油资源是有限的，依靠有限的资源难以维持农业的可持续发展。

当人们抱怨东西吃起来没味道，农民抱怨土地越来越没有肥力的时候，才发现化肥的不足之处和农药带来的危害，这才对微生物肥料有了更加深刻的认识：

微生物肥料其作用主要依靠大量有益微生物的生命活动。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和代谢时，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。因此，微生物肥料中的微生物种类和生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其他肥料是基于氮、磷、钾等为主要元素的形态。由于微生物肥料是一种活制剂，其肥效与活菌的数量、强度和周围的环境条件密切相关，包括温度、水分、营养条件、土壤中原生活在土壤中的微生物的排除作用都有一定影响。忽视这些因素，或者把有机肥当微生物肥料卖，是对微生物肥料认识不足的原因。