科学施肥的目的是发挥肥料的作用，满足作物对养分的需求，达到高产稳产；二是不断改良土壤，培育肥料，提高农业产量。三是通过合理施肥不断改良环境来促进土壤的健康发展。随着化肥用量的逐年增加，土壤对化肥的胃口变大，利用率逐渐降低。

目前，农业生产中的突出问题是重无机肥、轻有机肥、更轻生物有机肥；重氮磷肥，轻钾肥；重大量元素、轻中微量元素肥料；结构不合理。土壤养分比例失调，土壤肥力下降，肥料利用率低，农业成本增加，资源浪费大，导致农作物产量低，品质差，抗逆能力下降，同时加剧土壤污染。

科学施肥须考虑土壤。这是因为：有当土壤不足以供给某种养分时，才需要施肥。并不需要把所有的元素施入土壤，因为大多数营养元素，土壤 ( 或大气 ) 可以供应，否则会造成浪费。这一点有时会被忽视；二是肥料施入土壤后会发生一系列变化，不同程度地影响肥料的效果。不考虑土壤，就谈不上科学施肥。