精制有机肥是指通过物理方法将畜禽粪便中的水分降低而制成的有机肥料。二者之间的区别：

一是微生物的有无。精制有机肥经过高温处理，所有微生物基本没有了，难以为土壤提供有益微生物；

二是养分不同。精制有机肥通过高温处理，养分受高温损失较多；

三是效果不同。精制有机肥只是通过热空气减少产品中的水分，直接使用容易烧根、烧苗；

四是气味不同。精制有机肥通过干燥处理，除臭效果不理想，返潮容易5发出恶臭味，而微生物肥料将含硫物质变成了菌体蛋白，从根本上消除了臭味。

特别需要说明的是，无论是农家肥，还是精制有机肥，虽然对由于重茬引起的缺素症、土壤板结等有一定的控制效果，但根腐、基腐等土传腐烂病类的发病程度，在生产上要引起注意。