微生物肥料产品中的菌种不是越多越好。造成这种情况的主要原因是产品中的各种微生物都需要生存和功能互补。混合后，各菌株应能保持较高的存活力，且不存在相互拮抗。施入土壤后，可从土壤中分离出一定数量的与微生物肥料生产中相同的菌株。

其次，每个微生物肥料产品中的菌株的功能应该是互补的。将不同功能的菌株组合成一个产品，实现产品功能的多样化和应用效果的稳定性。一般同一产品大概有三种菌种。含有太多菌种的微生物肥料被应用于农田。由于土壤生态环境中诸多因素的影响，往往存活下来的有效菌是有限的。同时，同一产品的菌种太多，对生产厂家来说不划算。

含有过多菌种的微生物菌剂施入农田后，能存活并继续繁殖的菌株不等于原始菌株。施肥的土壤环境多样，同一菌肥中存在功能大致相同的不同菌株，会表现出不同的存活率。