习惯与化学农药混合降低活性。

微生物肥料含有活菌成分。微生物肥料如果混有杀菌剂，放置时间长，容易影响细菌的活性，导致部分细菌消失。

重视使用，轻视用量，用量不足，效果打折扣。

使用微生物肥料产品可以达到很好的效果，前提是用量足够。土壤中的微生物种类繁多，数量大。为了形成优势菌群，接种的外来有益菌需要经过环境的考验和土壤中原有微生物的竞争。为了促进有益菌的繁殖，需要人为地创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化的土壤，调节土壤的pH值等。施用有机肥，提高土壤物理肥力；增加微生物细菌的数量等。

使用方法待改进，使用期掌握不当，错过好的施肥期。

微生物肥料的使用方式多种多样，液体微生物菌剂可用于拌种、浸种、喷施、浸根、灌根。固体菌剂可用于拌种、浸根、混播、混施，不同施用方法对效果有一定影响。应避免在土壤表面喷洒和在高温强光下喷洒。在做底肥、沟施、穴施、灌根时，局部施肥有利于发挥肥效。与未处理的畜禽粪便混合时，分解过程中的高温会影响菌剂的活性和数量。建议对畜禽粪便进行腐熟处理。为了充分发挥微生物肥料的作用，避免使用单一方法，建议根据菌株的特性将上述方法结合起来使用。