(1)有机肥含有大量有机质，具有明显的土壤改良和施肥作用；化肥只能为作物提供无机养分，长期施用会对土壤造成不良影响，使土壤“越来越馋”。

(2)有机肥含有多种养分，有机肥所含养分均衡；而化肥所含养分种类单一，长期施用容易导致土壤和食物中养分的不平衡。

(3)有机肥养分含量低，需要大量施用，而化肥养分含量高，施用量低。

(4)有机肥肥效时间长；化肥肥效期短而猛，容易造成养分流失和环境污染。

(5)有机肥来源于大自然，肥料中没有化学合成物质。长期施用可以提高农产品的品质；化肥是化学合成物质，施用不当会降低农产品品质。

(6)在生产加工过程中，有机肥充分腐熟，就能提高作物的抗旱、抗病、抗虫能力，减少农药用量。长期施用化肥，往往需要大量的化学农药来维持作物生长，容易导致食物中有害物质的增加。

(7)有机肥含有有益微生物，能促进土壤中的生物转化过程，有助于持续提高土壤肥力；长期施用化肥会控制土壤微生物的活动，导致土壤自我调节能力下降。