(1)有机肥所含的营养成分不是全能的。有机肥含有多种养分，相对于养分单一的化肥是优势，但养分不均衡，不能满足农作物高产的需要。

(2)有机肥分解慢，肥效晚。有机肥中营养元素含量虽然齐全，但含量较低，在土壤中分解较慢。有机肥用量不大，很难满足作物对营养元素的需求。

(3)有机肥需要发酵。部分有机肥含有病菌、虫卵和杂草种子，有些有机肥含有不利于作物生长的有机化合物。因此，它们应该在施用前进行发酵和加工，生粪不能下地。

(4)腐熟有机肥不应与碱性肥料和硝态氮肥混施。