土壤分酸碱，有机菌肥也有pH值，菌分真菌和细菌。中性和微酸性土壤应施用细菌有机菌肥。碱性土壤宜施用丝状微生物的真菌有机菌肥，既能固定空气中的氮，又能帮助果树利用其他状态存在的氮营养。

其实土壤中有很多微生物，数量也非常多。它们大多对作物的生长发育、土壤的团粒结构和物质循环有很大的影响。还能分解有机物和矿物质，释放营养元素供作物吸收利用。酸性土壤施碱性有机菌肥，酸碱中和降低了肥效，也损伤了菌种。有些菌是好氧菌，如放线菌、霉菌，施于透气性差的板结土壤中，菌种本身都难以存活，更不用说发酵繁殖了。

菌肥中菌的生存条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机肥料，土壤板结，通风不良，导致大量厌氧菌，如镰刀菌等。更有甚者，有机肥的缺乏损坏了土壤的团粒结构，降低了土壤保肥保水的能力。果农使用的商品有机肥一般每亩40公斤左右，有机质很快分解利用。有机肥中的菌种没有其生存条件就无法繁殖存活，大部分消失。这是果农在施用商品有机肥中发现的道理，厚土施有机肥有效果，薄土施有机肥没效果。

果园多年不施有机肥，浅施无机肥，导致土壤板结，储氧差，根系生长缓慢。土壤的pH值会发生变化。除草剂在土壤中的残留直接损坏了土壤的团粒结构，消灭了土壤中的微生物。果园施用有机菌肥后，微生物被残留的除草剂等物质消灭，土壤中没有足够的微生物使菌肥发酵繁殖形成有效菌群，阻碍了肥效的发挥。果园正确选择除草剂，应能除草并在土壤中短时间残留，对土壤微生物和土壤团粒结构没有太大损坏。注意施用有机肥，改良土壤3 ~ 5年。

农户对这种新肥料一无所知。正确看待区域代理商和厂家的夸大宣传，有的甚至用显微镜忽悠群众，不告知自己的菌肥是什么种类的细菌，起什么作用，在什么条件下如何施用。

每种有机菌肥都有自己的特性和功能。比如球形芽孢杆菌是一种细菌杀虫菌，EM菌对重菌有抗性，乳状芽孢杆菌是一种长效细菌杀虫菌。枯草芽孢杆菌是一种细菌，能有效防治根系周围的细菌，保护作物不受侵害。