目前菌肥使用的菌种一般属于中温性微生物。土壤温度在25-37时，有利于菌的生长繁殖。一旦土壤温度超过37℃，菌的生长就会明显减缓甚至停滞，菌肥的效果也会受到影响。然而，生长停滞并不意味着细菌的消灭。当温度正常恢复，土壤湿度在50%左右，菌就会恢复生长繁殖功能。如果在高温地区施用菌肥，建议企业通过分离、筛选出耐高温能力更高的菌株，以保证菌肥的效果。

此外，强降雨也会降低菌肥的效果。微生物肥料中的菌大部分是好氧菌，需要有氧呼吸。如果土壤积水太久，会影响菌肥的效果，所以积水要及时排干。另外，水太多会使细菌悬浮在水中被冲走，从而影响菌肥的效果。

除了适宜的土壤温度和湿度外，土壤中的有机质含量和含氮量也会影响菌肥的效果。菌分解有机物时，需要合成蛋白质，这就需要部分量的氮。因此，土壤须含有足够的有机质和氮肥。如果田间养分含量不足，可能会造成部分程度的除肥。

再者，微生物肥料的选择须以作物为基础。例如，对于大田作物，如水稻、玉米、小麦等。建议选用复合微生物肥料。由于复合微生物肥料中既含有菌，又含有氮、磷、钾和有机质，使用起来更加方便。在单独施用氮肥、磷肥或钾肥的地块，可配合使用微生物菌剂，促进生长、抗病虫等。对于果蔬，建议使用生物有机肥，改良果蔬的口感和品质。

施用有机菌肥的关键是在土壤中不断培养微生物。当土壤中有足够的有机质或腐殖质时，可以被微生物菌利用，使土壤微生物繁殖。

实施果园生草制。当草长到15厘米到20厘米以内时，每年重复覆土一次，两年翻一次全园，提高果园腐殖质含量。

牛、猪、羊、兔等家畜家禽的发酵粪便。为有机菌肥中的菌种发酵繁殖提供充足的基质。能为果树生长提供中微量元素，减少小叶、黄叶等生理病害的发生。土壤中微生物的作用主要是产生各种酶，分解各种养分，产生各种酸和二氧化碳，为农作物提供更多的养分。为了微生物细菌的生存和繁殖，土壤中须有足够的有机质。