1:氮磷钾总含量超过8%时，与菌混合会压制菌的活性。菌与化肥混合使用时，要注意肥料中氮、磷、钾的总养分不能超过8%。一旦超过，菌的活性就会受到压制。如果氮磷钾总养分大于8%，建议混合使用。目前一些厂家的复合微生物肥料中氮、磷、钾总养分达到10%以上，有的甚至达到25%以上，会降低细菌的活性，对一般菌株甚至会造成部分死亡。但如果厂家选择耐肥菌株，可以保证菌的肥效。

2:不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂、含硫肥料(如硫酸钾)、稻草灰混合使用。因为这些肥料，很容易消灭生物细菌。或者先施菌肥，48小时后再争取除草。拌种时，禁止与已混有杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未成熟的农家肥混合。

3:对于多年施用化肥的田地，施用生物菌肥时不能大幅度减少化肥和有机肥的施用量。因为农作物对化肥的依赖，用生物菌肥代替化肥一下子适应不了。因此，一年、二年和三年，其替代量应分别为30%、40%和60%。磷钾肥只能补，不能减。

4:施用方式上，推荐采用沟施和窝施。菌肥要盖在土里，避免阳光直射，紫外线会消灭细菌；另外，不建议冲施微生物肥料，因为用水稀释后细菌会分散，影响施用后的效果。对于含硫量较高的土壤和锈迹斑斑的水田，不宜施生物菌肥，因为硫能消灭生物细菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，但喷雾的效果会更好。

5:不建议在过高、过低和干旱的条件下，不建议对作物田地施用微生物肥料。