商品有机肥大致可分为精制有机肥、有机-无机复混肥和生物有机肥。其中以有机无机复混肥为主。

(1)商品有机肥。是指工厂化生产的，不含具有特定肥效的微生物，主要提供有机质和有机养分的商品有机肥。精制有机肥作为一种高有机质含量的肥料，是农产品、有机农产品和无公害农产品的主要肥料品种。

(2)有机无机复合肥。它由有机和无机肥料混合或化合而成，含有一定比例的有机质和较高的营养成分。目前以有机无机复合肥为主

(3)生物有机肥是指已经工厂化生产的含有具有特定肥效的微生物的商品有机肥。除高有机质外，还含有能提高肥料或土壤养分释放能力的功能微生物。