1.生物有机肥需深埋，防止阳光直射消灭微生物。

　　2.生物有机肥宜集中在作物根部，在作物根部周围形成微生物。有益于生态环境，促进作物生长。

　　3.生物有机肥不应与杀菌剂或其他农药混合使用，以免影响肥效。

　　4.微生物肥料的适宜施用时间为清晨和傍晚或阴天无雨，避免阳光照射紫外线消灭微生物。

　　5.高温干旱条件下应避免使用微生物肥料。施用微生物肥料时要注意温度，湿度变化，在高温和干旱条件下，微生物的生存和繁殖会受到影响

　　6.微生物肥料不能长时间泡在水里。应该用在水田里进行干湿灌溉，促进微生物活动。有好气性微生物的产品尽量不要用在水田里。严重的干旱会影响土壤微生物的生长繁殖，微生物肥料适宜的土壤含水量为50%-70%。

　　7.微生物肥料可以单独施用，也可以与其他肥料混合施用。但是微生物肥料避免与未成熟的农家肥混合。与未分解的有机肥混合时，会因高温而消灭微生物影响肥效。同时也要注意避免与过酸或过碱的肥料混合使用。

　　8.微生物肥料应避免与农药同时使用。化学农药可以不同程度地控制微生物的生长和繁殖，会消灭微生物。不要用混有农药和杀菌剂的工具装载微生物肥料。微生物肥料不宜长期存放，拆封后应及时施用。一旦用完，打开包装袋后，其他菌可能会侵入，改变微生物菌群，影响其使用效果。

　　10.注意微生物肥料的肥效条件。微生物肥料的效果受其自身因素的影响，如肥料中所含有效菌数、活性大小等质量因素。又受其他外部因素的控制。如土壤水分、有机质、PH值等。所以微生物肥料从选择到施用都要注意。