从菌肥和有机肥的作用机理来看。菌肥其实是一群微生物，可以给特定的作物提供有利于作物生长的微生物。要明白，微生物肥料不是直接提供给作物营养的，而是通过微生物的生命活动来为作物增加养分，促进生长的。有机肥直接给农作物提供养分。有机肥可以通过在土壤中不断矿化，长期为作物提供多种养分和活性物质，特别是有机质中丰富的碳源可以促进植物生长。

　　我们从功能上看一下菌肥和有机肥的区别。微生物肥料主要有四大功能，包括增加土壤肥力，防治有害微生物，促进植物生长，改良作物品质。我们以多孢菌为例来说明这几种功能：

1多孢菌进入土壤后，能分解固化的无机盐，使之成为植物可以吸收利用的养分，从而降低含盐量，缓解土壤盐渍化，促进土壤团粒结构的形成，提高土壤保水保肥能力，从而增加土壤肥力；

2多孢菌能代谢和分泌细菌素(枯草杆菌蛋白酶、多粘菌素、几丁质等。)、脂肽类化合物、有机酸等。这些代谢产物能有效控制病原菌的生长或溶解病原菌，对重茬有较高的抗性；

3在适宜的培养条件下，多孢菌菌株产生的具有促进作物生长功能的活性物质包括赤霉素、吲哚乙酸、细胞分裂素等。从而提高作物生长刺激剂的水平，从而促进作物生长和繁殖。

有机肥的作用在于营养均衡，肥效持久稳定。有机肥可以活化土壤酶，促进根系发育。有机肥还能为土壤微生物活动提供能量和养分，促进微生物活动，加速有机质分解，生成能促进作物生长和提高农产品品质的活性物质。