增加土壤肥力。微生物肥料可以分解土壤中原本结合固定但不能被作物吸收的磷、钾养分，从而活化土壤中的磷、钾养分，增加土壤有机质含量，促进土壤团粒结构的形成，减少土壤板结，从而使作物根系发达，增强活力。

许多用作微生物肥料的微生物能产生植物激素，刺激和调节作物生长，使植物茁壮成长，改良营养状况。比如氨基酸叶面肥，生物发酵的氨基酸叶面肥，含有氨基酸，主要是酶解和生物降解的蛋白质。在这个过程中，出现了一些新的物质，植物中的源激素和生化产物，这些物质虽然含量不多，但具有很大的生理活性。它们能刺激作物的生长发育，促进酶的活性，增强抗病、抗逆的作用，对生根、促长、保花、保果等生理过程有一定的作用。

在有害微生物的生物防治中发挥作用。肥料中的有益微生物生长繁殖，在作物根际土壤微生态系统中形成优势种群，限制了其他病原微生物的生长繁殖机会，有的具有拮抗病原微生物的功能，起到了缓解作物病害的作用。

增加作物产量，提高产品质量。微生物肥料可以增加农产品的有效营养成分