绿色植物用来产生有机质的二氧化碳主要来源于土壤，有机肥分解产生的二氧化碳是土壤中二氧化碳的重要来源。有机肥的施用增加了土壤二氧化碳的释放能力，提供了丰富的可被植物直接吸收利用的二氧化碳养分，从而提高了作物的光合效率，增加了产量。有机物分解产生二氧化碳，绿色植物与二氧化碳光合作用合成有机物的过程在物质循环和生物能量转化中具有重要意义。同时，土壤二氧化碳含量的增加也促进了土壤与外界的气体交换，提高了土壤的吸收，增加了土壤固、气、液的协调性，为植物生长提供了良好的条件。

有机肥将大量的酶和微生物带入土壤，为土壤增加了新的活体物质，同时为这些活体生物提供了丰富的营养和能量，提高了它们的活性，增强了它们的繁殖能力。土壤的这些生命活动使有机质分解转化为养分供植物吸收利用，同时不断产生全新的化合物，使土壤养分不断积累。微生物还释放一些被土壤固定的养分，吸附一些容易淋溶的养分，从而提高土壤的供肥和保肥能力。土壤生命的不断繁衍，给土壤增加了新的有机物质。总之，有机肥使土壤成为一个充满活力的生命体，正在进行旺盛的新陈代谢。养分的分解与合成、固定与释放、积累与消耗，使土壤有机质和营养元素不断增加，土壤的物理、化学和生物性质不断改良，促进作物健壮生长。