施用有机肥料的一点就是增加了土壤的有机物质。有机质的含量虽然只占耕层土壤总量的百分之零点几百分之几，但它是土壤的成分，是土壤肥力的首要物质基础。有机肥料对土壤的结构、土壤中的营养、酶、水分、通气和微生物活性等有影响。

有机肥料含有植物需要的大量营养成分，对植物的营养供给比较陡峭耐久，有很长的后效。有机肥料还含有多种微量元素。由于有机肥料中各种营养元素比较均衡。

畜禽粪便中带有动物消化道排泄的各种活性酶，以及微生物产生的各种酶。施用有机肥大大提高了土壤的酶活性，有利于提高土壤的吸收功能、缓冲功能和抗逆功能。施用有机肥料增加了土壤中的有机胶体，把土壤颗粒胶结起来，变成安稳的团粒结构，改进了土壤的物理、化学和生物特性，提高了土壤保水、保肥和透气功能。为植物生长发明良好的土壤环境。

有机肥在土壤中分解，转化构成各种腐殖酸物质。能促进植物体内的酶活性、物质的组成、运输和堆集。腐殖酸是一种高分子物质，阳离子代换量高，具有很好的络合吸附功能，对重金属离子有很好的络合吸附效果，能有效地减轻重金属离子对作物的毒害，并阻止其进入植株中。