以发酵有机肥为载体，添加功能菌，加工成生物有机肥。生物有机肥料是指一种含有有益于作物生长的发酵微生物的特定有机肥料。既有微生物肥料的作用，又有有机肥的作用。当应用于农业生产时，可以获得特定的肥料益。生物有机肥料中添加的微生物肥料也有很多种，根据其成品中特定微生物的种类可以分为放线菌类，和真菌类；根据其作用机理，可分为根瘤菌类、固氮菌、解磷菌、解钾真菌类；根据有机肥中添加的微生物种类的数量，可分为单一生物有机肥料与有机无机复混生物有机肥。
生物有机肥的作用：

由于微生物种类不同，发挥的作用也不同。总结它具有以下功能：

(1)固氮作用，如根瘤和固氮菌，在适宜的环境条件下可以固化空气中的氮，为作物生长提供氮素营养。

（2）养分释放微生物去除土壤中一些难以被作物吸收利用的物质分解成作物可以吸收利用的有效营养物质。

（3）促生作用土壤施用微生物肥料后，不仅增加了土壤中的养分含量，促进了多种维生素、酶和其他有益于作物生长的物质的合成，帮助作物吸收养分。

(4)一些微生物接种到具有抗病性的土壤中后，在作物根部大量繁殖。在一段时间内，它成为作物根际的优势菌，控制或减少病原微生物的繁殖。一些微生物也会对病原微生物产生抵抗作用。虽然微生物肥料能为作物生长提供养分并使作物生长，但是毕竟它的作用还是有限的，作物生产主要靠有机肥提供作物生长所需的养分。

（5）自然界中的许多原料都含有许多有益的微生物，但是一旦这些原料被应用进入土壤，里面的微生物就会被土壤中无数的微生物吃掉。因此，不能在土壤中稳定生存，其效果难以显现。然而，如果先加入有益菌添加到发酵的有机肥中，有机肥本身就是一种扩大的培养基。这时，微生物有机肥料被施入土壤，很快在土壤形成优势种群，可以很好的发挥作物根系的作用。发酵有机肥对发挥微生物活性具有很好的作用。