一、为农作物供应多种养分：有机肥，又称农家肥。通常包含有农作物所需的各种营养元素和丰富的有机质。

二、减少土壤养分固定，提高化肥肥效：有机肥减少养分固定，提高化肥肥效的主要机制是有机肥的“螯合”。所谓“螯合”是在有机肥中腐殖酸与土壤中的无机盐形成配体，使它们牢固地结合在一起。减少营养元素与土壤的化学反应，提高肥料的有效性，提高化肥的利用率。避免化学损失和污染，提高农产品质量。在有机肥料的分解过程中，各种有机酸和碳酸能促进土壤中难溶性磷酸盐的转化，提高磷的有效性。在有机肥料中大部分处于有机状态的营养物被微生物分解并转化为被作物吸收的无机状态，这种过程缓慢，逐步转化释放养分。所以有机肥不仅当年有效，而且时间更长后劲稳定。

三、增加土壤微生物数量，提供所需能量：有机肥不仅是农作物的食物，也是土壤微生物的食物。有机肥中含有大量的微生物，大部分依赖于已有的有机质维系生命，土壤富含有机质，使微生物的旺盛活动。在微生物代谢的过程中，释放出大量的酶，产生一种黑色或褐色的腐殖质，可以持续稳定地供给。微生物的能量为微生物创造了良好的生存环境。

四、改良土壤的物理性质：腐殖质是一种胶体物质，是具有水稳性的主要物质。改善土壤水分和肥力，使其变得疏松，并利用耕作和排水以延长土壤的适宜耕作期。腐殖质还能使土壤颜色变暗，在吸热升温代谢过程中，有利于种子发芽和作物生长。腐殖质有很强的吸水能力，包括有助于作物抗旱耐涝。

五、减少土壤污染：腐殖质可以吸收一些农药，有机质与重金属离子形成螯合物。易溶于水，可从土壤中排出，减少土壤重金属污染。